Im März 2003 beschließen Sänger William Beckett und Bassist Adam T. Siska in Barrington, Illinois, eine Band zu gründen. Dafür rekrutieren sie Gitarrist Mike Carden, Rhythmusgitarrist AJ LaTrace und Drummer Michael Del Principe. Nachdem sie sich erst The Academy nennen, ergänzen sie kurz darauf das „Is“, um Streitigkeiten mit Bands gleichen Namens zu umgehen. Ihre Debüt-EP „The Academy“ erscheint 2004 bei LLR Recordings. Daraufhin wird das Quintett vom Label Fueled By Ramen gesignt. The Academy Is spielen Alternative Rock im Stile von Weezer oder Jimmy Eat World.

Im selben Jahr nimmt die Band ihr Debütalbum „Almost Here“ in Florida zusammen mit Produzent James Paul Wisner (Dashboard Confessional u.a.) auf. Nach den Aufnahmen und einer Sommer-Tour wechselt das Line-Up von The Academy Is. Tom Conrad ersetzt LaTrace an der Rhythmus-Gitarre und Andy Mrotek löst Del Principe am Schlagzeug ab. Im Februar 2005 wird „Almost Here“ veröffentlicht. Im Oktober 2006 wird Conrad durch Gitarrist Michael Guy Chislett ersetzt. Im gleichen Jahr tourt die Band als Hauptact mit der Warped Tour und beginnt Songs für das neue Album zu schreiben. Dieses wird mit Produzent Butch Walker in Los Angeles aufgenommen und „Santi“ betitelt. Es erscheint im April 2007 und erreicht in den Billbaord-Charts Platz 32.

Dessen Nachfolger, „Fast Times At Barrington High“, wird im August 2008 veröffentlicht und geht auf Platz 17 der Billboard-Charts. Elf Monate später erscheint die EP „Lost In Pacific Time: The AP/EP“, allerdings nur bei iTunes. Sie wird allerdings auch auf der folgende Tour verkauft.